《历代中医名著文库》以历代流传广、社会影响大、临床实用价值高为选书原则。为了满足社会各阶层读者使用和收藏的需要，并充分考虑到图书出版的可操作性，整个《文库》分为集成本和单行本(包括合刊本)两大系列。集成本系列根据中医药学术发展的演变规律、当今中医药学的学科建制和中医药古典医籍的保存现状，分为十三大类，计有《医经病源诊法名著集成》、《伤寒金匮温病名著集成>、《本草名著集成》、《方剂名著集成》、《针灸名著集成》、《中医内科名著集成》、《中医外科伤科名著集成》、《中医妇科名著集成》、《中医儿科名著集成》、《中医五官科名著集成》、《中医综合类名著集成》、《医案医话医论名著集成》、《中医养生名著集成》，每本《集成》少则收书十余种，多则二十余种，所收著作均以中小部头为主。单行本系列则主要收录集成本系列所不能包容的大部头著作，如《备急千金要方》、《千金翼方》(合刊名《千金方》)、《外台秘要方》、《医心方》、《证类本草》、《太平圣惠方》、《圣济总录》、《幼幼新书》、《本草纲目》、《证治准绳》、《景岳全书》、《医宗金鉴》、《沈氏尊生书》等，两大系列基本上代表了中医古典医籍中最精华的部分。